Heraclitus đánh giá cao vai trò của các giác quan trong nhận thức các sự vật đơn lẻ – tức là nhận thức cảm tính. Theo ông, nhận thức cảm tính cho phép con người tìm được cái lý. Heraclitus cho rằng nhận thức nghiên cứu vũ trụ, logos phải dựa trên cơ sở của cái nhìn và nghe thấy: “tôi thích cái gì mà có thể nhìn thấy được và nghe thấy được” – ông nói. Tuy vậy, nhận thức đó mới chỉ dừng lại ở nhận thức cái bề ngoài và có nhiều hạn chế.

Vì vậy, theo Heraclitus để nhận thức được đầy đủ về sự vật – nhận thức được chân lý cần phải phải có lý trí – tức là nhận thức bằng lý tính. Đó chính là chìa khóa giúp con người nhận thức được về logos. Ông viết: “tư duy có một ý nghĩa vĩ đại và sự thông thái chính là ở chỗ nói lên chân lý, ở chỗ lắng nghe tự nhiên rồi hành động thích hợp với tự nhiên”.(10)

Và theo ông, không phải ai cũng hiểu được chân lý – tức là nhận thức được logos ngoại trừ những nhà thông thái. Và những nhà thông thái đó là do họ sống tuân theo logos.

Ông cho rằng linh hồn của mỗi con người là trạng thái quá khứ của lửa. Linh hồn con người gồm hai mặt đó là phần ẩm ướt – tức là thiếu sự hiện diện của lửa thì đó là những người xấu. Còn những người mà linh hồn có nhiều lửa thì đó là người tốt.

Như vậy, theo Heraclitus thì linh hồn mỗi con người đã bao gồm sự thống nhất của hai mặt đối lập – cái ẩm ướt và lửa. Ở người nào càng nhiều yếu tố lửa tức là tâm hồn được khô ráo thì đó là người tốt. Lửa trong tâm hồn là logos của tâm hồn, phần lớn loài người sống theo ý của riêng mình không tuân theo logos vì vậy họ là những người tầm thường.

Khi coi linh hồn của con người cũng là cái được sinh ra từ một thực thể vật lý là lửa và cũng là vạn vật trong vũ trụ, trong nó không có một đặc trưng nào của cái siêu tự nhiên mà chỉ mối quan hệ với các yếu tố vật chất, nó là sản phẩm biến đổi huyền diệu của lửa và do vậy là cái quy định mọi hành vi của thể xác và luôn có khát vọng vượt ra khỏi thể xác.